毛细管区带电泳(CZE)为HPCE的基本操作模式，一般采用磷酸盐或硼酸盐缓冲液，实验条件包括缓冲液浓度、pH值、电压、温度、改性剂(乙腈、甲醇等)，用于对带电物质(药物、蛋白质、肽类等)分离分析，对于中性物质无法实现分离。毛细管胶束电动色谱(MECC)为一种基于胶束增溶和电动迁移的新型液体色谱，在缓冲液中加入离子型表面活性剂作为胶束剂，利用溶质分子在水相和胶束相分配的差异进行分离，拓宽了CZE的应用范围，适合于中性物质的分离，亦可区别手性化合物，可用于氨基酸、肽类、小分子物质、手性物质、药物样品及体液样品的分析。
毛细管等速电泳(CITP)采用先导电解质和后继电解质，构成不连续缓冲体系，基于溶质的电泳淌度差异进行分离，常用于离子型物质(如有机酸)，并因适用较大内径的毛细管而可用于微制备，但本法空间分辨率较差。毛细管等电聚焦电泳(CIEF)用于具兼性离子的样品(蛋白质、肽类)，等电点仅差0.001可分离的物质。毛细管凝胶电泳(CGE)依据大分子物质的分子量大小进行分离，主要用于蛋白质、核苷酸片段的分离。此外，还有毛细管电色谱(CEC)及非水毛细管电泳(CNACE)，用于水溶性差的物质和水中难进行反应的分析研究。目前CZE和MECC用得较多，本文以这两种方法为例来说明HPLC的原理。
工作原理：
毛细管两端分别浸入缓冲液中，而缓冲液中分别插入连有高压电源的电极，根据被分离物之间电荷和体积的不同，带电荷分子朝相反极性的电极方向移动。又利用毛细管内壁上的电荷和应用的势能而引起的电解质移动，毛细管内表面带有硅羟基基团，当毛细管内充满缓冲溶液时，毛细管壁上的硅羟基发生解离，生成氢离子溶解在溶液中，这样就使毛细管壁上形成双电层，管壁是负电荷层，溶液是正电荷层。在毛细管的两端加上直流电场后，带正电的溶液就会整体向负极的一端移动，形成了电渗流。无论是带正电、带负电或不带电的粒子，都在电渗流的作用下，向阴极迁移，带正电的，受到同方向的电场力作用，迁移快，不带电的迁移速度次之，带负电的迁移速度慢，从而实现各蛋白组分的分离。
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